Das Institut wurde 1998 formell gegründet, und 1999 begannen die begannen die Bauarbeiten für das neue Institutsgebäude auf dem ehemaligen Straßenbahndepot an der Pfotenhauerstraße. Im Jahr 2001 zogen die ersten Forschungsgruppen in das fertige Gebäude ein. Heute arbeiten rund 500 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus aller Welt am MPI-CBG an der Frage, wie aus einer einzelnen Zelle ein komplexer Organismus entstehen kann.
Schon die vier Gründungsdirektoren repräsentierten die Internationalität des Instituts: Gemeinsam bauten der deutsche Neurobiologe Wieland Huttner, Anthony Hyman aus Großbritannien, Kai Simons aus Finnland und der Italiener Marino Zerial den Forschungsstandort auf. Im Jahr 2001 wurde das Team durch den Australier Jonathon Howard aus Seattle ergänzt. Ivan Baines aus Großbritannien baute eine zentrale Infrastruktur auf, um sicherzustellen, dass alle Forschungsgruppen Zugang zu den neuesten Technologien haben und die Ressourcen sinnvoll teilen.