© Katrin Boes / MPI-CBG
Das Zentrum für Systembiologie Dresden (CSBD) war vom 10. bis 17. Juni 2023 der Veranstalter des zweiten scenery und sciview Hackathons. Sechzehn internationale Teilnehmerinnen und Teilnehmer aus Deutschland, den USA, Italien, der Tschechischen Republik, Indien, Tunesien und sechs verschiedenen Institutionen kamen in Dresden zusammen, um an dem Visualisierungs-Toolkit scenery und dem Fiji-Visualisierungs-Plugin sciview, das auf scenery basiert, zu arbeiten und zu programmieren. Organisator und Sponsor des Hackathons war Ivo Sbalzarini, Professor für Wissenschaftliches Rechnen in der Systembiologie an der TU Dresden, Forschungsgruppenleiter am Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik (MPI-CBG), Dekan der Fakultät Informatik an der TU Dresden und TU Dresden Direktor im CSBD. Er sagt: “Die gemeinsame Woche am CSBD hat beide Projekte ein großes Stück weitergebracht. Es war einfach toll zu sehen, wie sich die Teilnehmer gegenseitig inspiriert haben.” Der Hackathon wurde vom Zentrum für datenintensive Systemforschung CASUS (Center for Advanced Systems Understanding) mitorganisiert.
Ziel des Hackathons war es, beide Softwarepakete einer stabilen 1.0-Version näher zu bringen, die auf eine Reihe von Vorabversionen folgen wird. Während des Hackathons wurden viele Beiträge zu beiden Softwarepaketen geleistet; insgesamt wurden 20 Fehler behoben und 25 neue Funktionen und Erweiterungen von den Teilnehmerinnen und Teilnehmern beigesteuert, von denen einige zum ersten Mal an den Projekten mitarbeiteten. Das Toolkit scenery wurde von Ulrik Günther und Kollegen seit 2016 entwickelt, als Ulrik noch Doktorand in der Forschungsgruppe von Ivo Sbalzarini am CSBD war. Jetzt ist er Postdoc am CASUS. Mit Scenery steht den Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern ein flexibles Open-Source-Visualisierungsframework für Virtual und Augmented Reality zur Verfügung. Scenery kann große Datenmengen visualisieren, wie zum Beispiel die von modernen Mikroskopen erzeugten Daten. Das Framework läuft auf der Java VM, ist interoperabel mit einer Vielzahl von Werkzeugen aus dem beliebten ImageJ-Ökosystem für die Biobildanalyse und ist eine freie und quelloffene Software. Das Plugin sciview für die Bildanalysesoftware Fiji bietet Endnutzern 3D-Visualisierungs- und Virtual-Reality-Funktionen für Bilder und Netze auf der Grundlage von scenery.